Il Garante per la protezione dei dati personali ha espresso parere non favorevole sul PSN, in particolare sul Censimento permanente che partirà dal prossimo ottobre 2018. Nel proprio parere del 9 maggio 2018 sullo "schema di Programma statistico nazionale 2017-2019, Aggiornamento 2018-2019 - 9 maggio 2018" il Garante ha rappresentato al punto 4) le criticità connesse all'attuazione del censimento permanente, al corretto utilizzo dei dati amministrativi raccolti e alla riservatezza degli stessi. Su questi aspetti è intervenuta ANCI con un proprio comunicato. Come sottolinea Alberto Avetta Anci Piemonte "Anche se la novità dell'utilizzo dei dati amministrativi potrebbe sollevare qualche dubbio in merito alla riservatezza degli stessi ci sentiamo di sostenere che la cultura della protezione dei dati personali dei cittadini è parte costitutiva del profilo professionale dei funzionari pubblici comunali ed in particolare dei funzionari degli uffici di statistica comunali...."..(cfr. il comunicato ANCI 5 giugno 2018)